dsh-molecule-viewer

DSH（DeepSeek Harness）分子结构查看器插件：传入分子文件路径或 PDB/SDF/MOL2/MOL 格式数据，在会话界面渲染交互式 3D 分子查看器（3Dmol.js，支持旋转/缩放/样式切换/着色）。

特性

• 🧬 四种格式：PDB（蛋白质/大分子）、SDF、MOL2、MOL
• 📁 路径优先：直接传文件路径，工具在服务端读取——Windows（D:\dir\x.pdb）、WSL（/mnt/d/dir/x.pdb）和 ~/ 写法都能自动识别互转
• 🖱️ 交互式查看器：旋转、缩放，实时切换 cartoon / stick / line / sphere 样式、背景色与分子着色
• ⚡ 轻量解析：Host 侧只做原子计数与校验，真正的解析渲染交给浏览器端 3Dmol.js
• 📦 本地打包 3Dmol.js：vendor/3Dmol-min.cjs（2.4.2）在构建时打进 client bundle —— 无 CDN 运行时请求，加载快、可离线、不受浏览器跟踪防护影响

安装

dsh plugin --profile web add git+https://github.com/PandaAIDD/dsh-molecule-viewer.git

重启生效：

dsh --profile web

安装后 view_molecule 工具自动可用，模型按工具描述自动调用。

dsh plugin 是 pnpm 转发器：克隆仓库 → 安装到 profile 的 node_modules → 检测到 dsh.bundle.patch 声明 → 自动加入 dsh.profile.bundles。peerDependencies 从 profile 的 healed node_modules 解析。

使用

对话中直接描述需求即可，模型会自动调用工具：

"帮我可视化这个分子：D:\project\Dock\data\3IPQ.pdb"

或明确要求：

"用 view_molecule 工具查看这段 SDF 数据：..."

支持的格式

格式	扩展名	说明
PDB	.pdb .ent	蛋白质/大分子（ATOM/HETATM 记录）
SDF	.sdf .sd	多分子结构（V2000/V3000）
MOL2	.mol2	TRIPOS 格式
MOL	.mol	MDL MOL（V2000/V3000）

SMILES 暂不支持——需要含 3D 坐标的格式。

工具参数

参数	类型	必填	说明
path	string	与 data 二选一（优先）	分子文件路径，按用户原始写法传入即可（Windows/WSL 双向兼容，~/ 自动展开）；服务端直接读取，速度快
data	string	与 path 二选一	分子文件纯文本内容——仅用于磁盘上没有文件的情况（如聊天中粘贴的内容），不要 base64 编码
format	pdb | sdf | mol2 | mol	传 data 时必填	输入格式；传 path 时按扩展名自动推断，可省略
name	string	否	显示名称（如 "1CRN"），作为查看器标题
style	stick | line | sphere | cartoon	否	初始渲染样式（默认 stick；蛋白质建议 cartoon）

开发

# 安装依赖（或复用 DSH profile 的 node_modules）
pnpm install

# 构建（产物提交到 GitHub，用户安装时无需构建）
pnpm run build

# 类型检查
pnpm run typecheck

项目结构

dsh-molecule-viewer/
├── package.json          # 声明 dsh.bundle + dsh.client
├── cordis.patch.yml      # bundle 补丁：按包名插入插件行
├── tsconfig.json
├── src/
│   ├── index.ts          # Host 半：注册 view_molecule 工具（path/data 双入口）
│   ├── parser.ts         # 轻量解析器（原子计数 + 验证）
│   ├── types.ts          # 共享类型 + SessionEventMap 声明合并
│   ├── invariant.ts      # 包不变式 companion
│   └── client/
│       ├── index.ts      # Client 半：Conversation Node + slot renderer
│       ├── MoleculeView.tsx    # 3Dmol.js 交互式 3D 容器
│       ├── molecule-definition.ts  # 事件匹配定义
│       └── threeDmol.ts  # 3Dmol.js 本地打包加载（vendor，无 CDN）
├── vendor/                # 本地打包的 3Dmol.js 2.4.2（.cjs — UMD 构建）
├── lib/                  # 构建产物（提交到仓库）
└── README.md

架构

模型调用 view_molecule(path 或 data)
    ↓
Host 半（Node.js）: 读取/接收分子 → 解析计数 → 发出 molecule/view 事件 → 返回 JSON
    ↓
Client 半（浏览器）: 捕获事件 → 3Dmol.js 渲染交互式 3D 视图

License

MIT